二战结束后不久，日本南海惊现离奇事件，打捞船荣子丸在平静的海面上突然遇难，幸存者寥寥，前去搜救的宾果丸也一去不返。不久，南海附近的岛屿大户岛遭受到恐怖的袭击，岛上的老人声称这便是传说中的怪兽哥斯拉作怪。古生物专家山根京平教授受命前往调查，根据现场遗留的痕迹断定，这个怪物是200万年前侏罗纪时代存活下来的恐龙，并且在原子弹辐射的影响下，化身为更具破坏力的恐怖怪兽。该论断一经公布，便在日本国内引起轩然大波。政客和军队纷纷行动，意欲置哥斯拉于死地。而哥斯拉也闯入东京，进行一场毁灭性的破坏。人类的命运悬于一线……本片根据香山滋的科幻小说改编。

一串悲凉的歌声诉说着蜘蛛城的历史预言。战国时期，处于密林围抱的蜘蛛城，地形复杂，敌军攻来此地，必然迷路，因此城主稳坐城楼，指挥若定，四面排出大将御敌，可保此城固若金汤。大将鹫津武时（三船敏郎 Toshiro Mifune 饰）和副将三木因为平叛得力，准备回城领赏。途中，二人阴错阳差走入了密林深处，偶遇一白发老妪弹琴吟唱。他们觉得此事蹊跷，怀疑是敌方故布疑阵，因此上前以武力逼其就范。但此人却预言鹫津将夺城主之位，三木之子也将继承大统，正当两人将信将疑之时，此人化作一道白光销声匿迹。此后，回到城中，鹫津做了北城城主，但念及预言，心有不甘，于是在妻子浅茅的怂恿下，弑君，自立为蜘蛛巢城城主，然而这才只是预言的开始……